Không phải El Niño lúc nào cũng gây tai họa cho con người. Cách đây hơn 5000 năm, khi mà hiện tượng này mới được ngư dân Peru phát hiện thì El Niño đồng nghĩa với "tin mừng". Vì nước biển lúc ấy tăng lên đủ ấm để vi sinh vật phát triển. Chúng là thức ăn cho cá biển. Nhờ thế nền đánh bắt cá của các nước ven biển Nam Mỹ phát triển mạnh. Nếu năm nào mà hiện tượng El Niño không làm cho nhiệt độ nước biển tăng lên quá cao thì năm đó sẽ có mùa cá bội thu.

Ngoài ra, El Niño còn làm cho một số hoang mạc khô cằn nhất thế giới như Antacama (Nam Mỹ) có những cơn mưa lớn giúp cho thực vật tại nơi đây phát triển đáng kinh ngạc. Tiêu biểu là vào năm 2015, hoa đã nở rộ khắp Hoang mạc Antacama.